Un'altra pianta utile al fine del bimonitoraggio è il muschio. Infatti queste piante sono in grado di "mangiare" e di trattenere all'interno dei loro tessuti i metalli pesanti, ovvero quegli elementi chimici presenti in atmosfera (introdotti in special modo dalle attività umane), che costituiscono un problema sia per l'ambiente ma anche, e soprattutto, per l'uomo.
Le tecniche per verificare quanti e quali metalli pesanti sono presenti all'interno del muschio sono più difficili rispetto al biomonitoraggio effettuato tramite licheni. Questo non tanto perchè servano delle conoscenze specifiche, ma perchè servono strumenti e reagenti che si possono ritrovare solo in strutture specializzate come le università o i laboratori chimici. Infatti i muschi, al contrario dei licheni, devono essere prelevati dalla zona in cui si intende verificare lo stato dell'aria e successivamente si devono utilizzare delle sostanze acide al fine di estrarre dal tessuto del muschio i metalli in esso contenuto. La soluzione che si ottiene deve essere poi analizzata con uno strumento (che generalmente è lo spettrofotometro) per verificare la concentrazione del metallo pesante ricercato.
In natura esistono molte varietà di muschio: da quello che tappezza il sottobosco, a quello che cresce sugli alberi, a quello che cresce sui muretti delle case. Generalmente per ottenere dati omogenei si utilizza una sola specie di muschio che, inoltre, deve essere asportata dall'ambiente in cui si trova solo quando cresce in determinate condizioni (ad es. non si prelevano muschi che crescono al bordo della strada, perchè questi, come si può facilmente intuire, sono fortemente condizionati dagli scarichi delle macchine).
Sia i muschi che i licheni risultano essere molto utili per il monitoraggio ambientale essenzialmente perchè non hanno costi di installazione e si possono ritrovare facilmente in ogni città e ambiente che si vuole analizzare.
